新築にて太陽光発電を搭載しようと思いますが、屋根への負担を考えると、和瓦より金属系瓦のほうが良いのでしょうか？

　太陽光発電の重量を問題にして、屋根材を瓦にするか金属板にするかを考慮する必要は、あまりないと思います。
　むしろ発電効率を考えて、受光板の方向が大切です。その際に、台風などに備えた強力な取り付けブラケットを重視すべきでしょう。現在は、屋根材と一体になったものなどもありますので、メーカーと十分に刷り合わせを行って機種を選定すべきでしょう。