１年前に在来木造２階建てを新築しました。最近気がついたのですが、基礎パッキンによる通風が取れていないのです。というのも、水切りの取付位置が下過ぎるようで、基礎パッキンの空きの部分（防鼠材の部分）をほぼ塞いでしまっているのです。家の全周このような施工でした。ちなみに、外壁はモルタルです（通気層はありません）。床下収納から覗くと、ベタ基礎は乾いていて湿気も感じませんでした。
　断熱は内断熱で、高台のため水はけは良いと思います。このような場合は、やはり土台が腐ったりするのでしょうか？　改修工事は必要でしょうか？　また、よい改修方法はありますか？　基礎に換気口を開けるのは、地震等を考えると避けたいと思っております。
　いろいろ調べてもこのような例がないので、ぜひ回答いただけたらと思います。よろしくお願いします。

　結論から言って問題はないと思います。建築基準法で、床下換気口（基礎パッキンも含む）の取り付けが義務づけされております。
　しかし、床下に防水対策を行ったコンクリートが敷設されているなどの、一定の措置がなされていれば、換気口を省略できます。本件はベタ基礎に防水処理がなされているものと思われ、何の対策も必要としないものと思います。
　しかも、コンクリートの表面がサラサラに乾いているということは、水はけの良い敷地環境と相まって、質問者が心配しているような問題が発生しないと思われます。万が一、土台腐食などトラブルが発生しても、瑕疵担保責任の範囲とみなされて、施工者側に責任を取らせることのできる案件と思われます。
　むしろ気になるのが、外壁モルタルに通気層がないことです。外壁モルタルに通気層がない場合、小さなモルタルのクラックや開口部から漏水して、壁の中を腐らす場合もあります。しかし、施工者がしかるべき対策をしている場合もありますので、しっかりと確認をし、万全だと言うのであれば、問題が発生した場合の責任所在を確認しておくべきと思います。