何をどのような形で契約されたのか判りませんが、やはり「変更」「追加」「取りやめ」になった事などは都度ごと、確認して業務を進めるのが、家づくりに限らず、全ての「契約行為」の約束でしょう。

残念ながら、工務店さん（特に職人さん上がりの社長さん）なんかは、このあたり、「俺に任せろ！！！」的で、悪意はないにしろ、少々ルーズな方が多いのは事実です。また、大きなハウスメーカーでも、営業と工事の連携がまずかったりすると、このような事態はよく起きます。

まえさんのおっしゃっている事は、何も間違ってはいないので、喧嘩にならない程度に、確認しながら、家づくりを進めてください。全ては、「事前に」確認、承諾してから現場を進めるのが大原則です。

ただ、、、ジャンカの件は工程の都合で、最後に補修するのは、良くある事ですから、目くじら立てる必要は無いかと思いますよ。