ご質問から時間が経ちましたが…

まず、私的な感想から。
たとえ身内でも、聞こえないに越したことは無い。という音はありますね。
また、身内だから、聞こえないなりにも、聞きたい音もあります。
多少の生活音は、安心感（無事だね。異常はないね？）など・・・

技術的な話でいうと、

>1階の床はコンクリート、2階はフローリング、3階はタイルです。　

三箇所とも音が響く・・・伝播しやすいものですね。
これが、カーペットとか、たたみとかならば、ずいぶん違うと思います。
今からでも、カーペットを置き敷きされると、違うかもしれません。

もう一つ、「ふところ」1階の天井と2階の床の間、2階の天井と3階の床の間ですが、ここに「グラスウール」等の繊維系の断熱材（正確には吸音材ですが）を入れてあるのでしょうか？　図面で確認、あるいは施工者に確認ください。それがあるないで、極端に変わります。
　
　さらにもう一押し
天井の吊り木なのですが、上の床の「根太」から取る場合があり、それをすると、「伝播」という意味では、音の伝わりを防ぎようがありません。
根太と縁を切って、別個に「吊り木受け」を入れてそれから吊っているのか？否か？　こちらについても施工者に確認してください。
　音を伝播させない施工には、そのほかにもありますので、その点も確認したほうが良いでしょう。もしそれに何も気を使っていないのなら、少し強気に出ても良いかもしれません。

>　「準防火地域なので2階と3階の床に防音(遮音・吸音)シートは敷かなかった。防火申請がどうのこうの・・・。賃貸だと防音処置をするのは当然だが、2世帯住宅は身内同士だから多少聞こえた方が良い・・・。外断熱の高気密住宅なので外からの音は聞こえないが、逆に内の音は外に逃げないので響きやすい・・・。」と言ってます。

　
準防火は、防音に直接は関係ないと思います。
身内同士・・・でも、聞きたい音、聞かせたくない音、聞きたくない音・・有りますね。　高気密ゆえに、ということはあります。それは反論はしませんが、だからといって逃げ口上にはして欲しくはないですね。理論と実際は違いますから。「わがまま」とは、施工者がしっかりやった（吸音材、伝播音遮断など）あとであればともかく、それがないのであれば、普通は言われないことだと思います。

>　写真は3階のドア枠の下の画像です。床のタイルと枠に隙間が出来ているのですが、これも普通でしょうか？こんなものなんでしょうか？

品番を変更した時点で、厚さに変更がなかったというのであれば、単純に施工者（大工）のスキルの問題と言えるでしょう。
ただ、もしかしたらですが、タイルとの「縁」をあえて切っているのかもしれません。最近の建材（ドア、ドア枠）などは極端に水濡れ、水吸いを嫌います。施工時点のタイル、目地などの水を嫌った結果かもしれません。であれば、目くじら立てないで、コーキングなどで「目立たなく」して済ませるというのが、お互いに良いかもしれません。