建築基準法の告示第1347号　第3　3条4項では
木造の建物のべた基礎にした場合の根入れ深さが規定されております。
記載をいたしますが
「根入れの深さは、基礎の底部を雨水等の影響を受けるおそれのない密実で良好な地盤に達したものとした場合を除き、12cm以上とし、かつ、凍結深度よりも深いものとすることその他凍上を防止するための有効な措置を講ずること。」
となっております。

ですので、まずは
?5cmの根入れで良好な地盤に達しているか？
?お住まいの地域の凍結深度は5cmより浅いのか？
です。

場合によっては現在は根入れ深さが5cmですが、建物周囲を均す時に12cm以上の根入れにするなどをかんがえているのかもしれません。

建築基準法は基準であって必ずしも守れば安全というわけではありません。
大前提は構造的に安定をさせることですので
基準法を含めどのような構造で考えていらっしゃるのか再度工務店の方（設計監理者）に確認をされてはいかがでしょう？