ドンという音は、連続音ではありませんね。
単独に１回だけの音が、不規則な時間をおいて聞こえるという事でしたら、トイレのロータンクから出る音ではないでしょうか。

小生の仕事場（小規模中古マンション１階）の大便器は、大・小共に水を流すとトンという小さな音がします。昔の便器はこんな音はしなかったですが、最近の節水型便器には、勢いよく流す装置が付いているようです。
流水音に紛れてそれほど気になりませんが、上の階に設置したら、下の階には聞こえるかなという懸念はあります。

朝の６時ごろからという事は、「まなか」さんの上下左右の皆さんがトイレを使い始める時間帯です。
その後も、音はしていたでしょうが暗騒音（生活音）が大きくなるので、紛れて気が付かなかったものと思います。
夜も寝るころになって気が付くという音ですから静かになると聞こえてくる典型的な事例です。

ご自宅のトイレで確認してみてください。似たような音ならば、上階の音が、「まなか」さん宅のどこかで増幅されたものといえます。

トイレの音でしたら、T社・I社とも便器の下に敷く防音・防振シートがあります。
本来は、排泄音対策のものですが、ドンにも効果的かと思います。

一応、瑕疵に近いトラブルですから、竣工１年たっていないので、管理組合を通じて、デベロッパー施工業者に相談してください。


トイレの音でないとすれば、音のパターンから原因追及は難しいですね。