私の、写真からの「見解」とことわって、
　さしあたっては、気を病む必要は無いと思います。
土台は、薬剤の注入材で、割れたりしてる様子はありませんし、
仕様箇所は、大きな力が必要な部分の材のようには、見えません。
問題が発生する「割れ」には思われません。

写真から拝見する限り、、、また、お住まいの住所から想像するに、「杉」材かと思います。確かにどの部材も大事なのですが、竹沢さんのおっしゃる通り、構造的にはさほど重要でない部分だと思われます。（大引き＜おおびき＞と言います）

1階の基本的な床は、梁受け金物が設置されているので、梁式だと思いますし、間取りが不明ですが、きっと収納か何かの真下ではないでしょうか？ちなみに私が構造計算する場合でも、この部材に関しては省略してしまいます。見た目は少々、気持ち悪いですが、大丈夫だと思いますよ。
銀色の足は鋼製束＜こうせいづか＞と言います。ちゃんと綺麗に入っていますね。（＾▽＾

北海道では杉材をあまり使わないので、そちらの事情は不明ですが、どうも杉材で安くて割れの無い部材は、なかなか無いようですね。柱や2階床の梁がこのような状態だと、さすがに不安ですが、金物の設置状況や現場の雰囲気から察するに、ちゃんとした工務店さんのようです。信じてあげても宜しいのでは無いでしょうか？

ただ、、、どうしても不安な場合、後々まで、不安感を引きづったままですと、せっかくの家づくりも楽しくありません。今のうち、、この程度であれば、取り替えていただけるのでは無いでしょうか？

「構造的に大丈夫なのは承知しているが、、どうしても不安なので・・・」という感じでお願いしてみてはいかがですか？あまり感情的に「こんな欠陥部材を使って、手抜きじゃねぇか！！・・・」みたいな物言いですと、双方、感情的になりかねません。

ちなみに、「土台」とはコンクリート基礎の上に乗っている材料を言います。それは｢米ヒバ（ベイヒバ）」になっているようですね。柱が乗るのはこの材料です。ご心配になっている部材は「大引き」ですから、柱が乗らないか、乗っても床柱とか階段の手摺の柱とかの、本体構造に影響の無い部材が乗るはずです。

そうゆう意味で、計算は除外してしまいます。

本音で、、綺麗な現場だと思いますよ。（＾ｍ＾）/