私のわかる範囲で・・・

まず、サイディングは「窯業系」セメント系のものという判断で良いのでしょうか？　張り方は「金具止め」でしょうか？さらに、１１年と言うことですが、その間に「塗装工事」などはされていますでしょうか？
その辺を推測にまかせてもらって、コメントすれば、

>主に家の北側一面がこのように膨らんでしまっています。施工時、釘の本数が足らなかったのか？などと思いますが、いかがなものでしょうか？

このサイディングが、金物止めであれば、板材の真ん中には、当然、釘は打ちません。また、金物同士は、板材の上と下で挟む感じで止まっているでしょう。この件に関しては、釘の本数とは、根本的に違う　要因です、「釘止め」であったとすれば、中間に打ったものが、「抜け気味になるほど」なのか、当初から打っていなかったのどちらかです。
　当初から打っていないのであれば、今からでも打つ・・・と言うことは考えられます。割れる可能性もあるので、注意も必要ですが、良くはなるでしょう。それを抜いてまで反った・・・と言うことならば、無理は禁物。間違いなく割れます。修理をする、施工業者と相談が必要でしょう。

>そもそも１１年くらいでこのようなことになるというのは、サイディングの質がよくなかったのでしょうか？

１１年間は、板材にとっては決して短い期間ではありません。その間に、通常は１度か２度、塗装工事なり、コーキングの点検打ち直しがされて、しかるべきです。メンテがされていない期間で１１年であれば、なることは「当たり前」とは言いませんが、クレームを付けることは困難でしょう。「質」を云々する余地はありません。
　塗装工事がもしされていて、その上でもなおということであれば、前回の塗装工事の時に、こうなっていなかった？のか、兆候があったものなのか？塗装工事業者に確認してください。
そのときからの期間であれば、当然きわめて短い期間での「ふくれ」になります。施工業者、塗装業者も含めて、話し合いが必要になります。

>　西側のサイディングのつなぎ目もコーキング材が風化していて、直さなくてはならないのですが、よくみると溝の幅にバラつきがあります。この素材のものは伸び縮みするのでしょうか？

これも、メンテナンスをされていないのであれば、クレームの余地はないと思われます。何年目の頃にどの程度の状況で「コーキングの打ち直し」がされたかによりますが、コーキングの劣化も、おなじように考えてください。
　ちなみに、「窯業系」のサイディングも「伸び縮み」はします。メーカー、製品などによりますが、結構な伸び縮みが発生します。そのためにコーキングがあり、その施工法も「３面接着」しないようにしてください。という注意点があります。

>一番心配なのは、隙間から雨水が入り、木材や内部構造を痛めてしまっていないか・・ということです。

最近の住宅は必ず、「通気層」をつくって外壁を張ります。あなたの家に通気層があるのであれば、とりあえずは「問題なし」と言えると思います。詳しくは、施工業者なり、建築士などにご相談くださり、点検、確認をされることをお勧めします。