LGSとはライトゲージスタットの略でいわゆる軽量鉄骨のことです。
家づくりには全てがLGSだけ構成することは難しく、床材は木下地と組み合わせを行う場合もあります。
本件がどのような施工仕様になっているかは、質問文書だけでは判断出来ません。
音の質だけで判断すると、仰せのようにフローリングが軽鉄に触れている部分がもっとも考えられる要因だと推察されます。
施工業者と充分な擦り合わせを行うべきと思われます。