検査済証そのものは、確認検査機関によって微妙に書式は違うのでしょうが、ほとんどはA-4の紙1枚にハンコが押されただけの物です。
文言としては「確認申請の時の申請内容と出来上がった建物が違っていない事を確認しました」というような内容になっているはずです。
あくまでも、「確認済証＆確認副本」とワンセットのものとお考え下さい。

また、確認申請は、あくまでも申請された建物が「建築基準法」及び関連法規に則っているのを、「確認」しました。という事だけであって（法律上はキソク行為というそうです）、「許可」や「認可」でもなければ、ましてやそのFCの仕様を拘束したりするものではありません。例えば壁紙に求められる法的な性能は「防火性能」と「化学物質の有無」程度ですから、それ以外の「色」や「価格」などは全く関係の無い話です。
ご心配の吹き付け系の断熱材も、どのような仕様であっても、建築基準法上の違法性が無い限り、確認申請を盾にして責任を追求するのは難しいと思います。

住宅系のフランチャイズの形態にもいろいろとあり、住宅の中の一部の性能や工法（例えば、断熱工法や換気工法、基礎の工法などなど）をFC本部の指導で行ったり、そのFCの提供する部材・建材を買えば、「ナンチャラホームの家」と名乗っていいよ・・・というのが、ほとんどのような気がします。直接的にその「ナンチャラホーム」の提供する性能や工法に齟齬があるようでしたら、FC本部も含めて、責任の所在を明確にする必要がありますが、「ナンチャラホーム」の提供する性能や技術と直接関係の無い部分に関しては、当該地元工務店との交渉になると思いますよ。確認申請上の設計者施工者（多分監理者も？）が地元工務店さんであれば、契約書上の相手先もその工務店さんではないですか？

isseiさんの一連のご質問を拝読しましたが、竣工後半年経過して、施工者との間に何があったのでしょうか？引渡しは円満に行われたのでしょうか？お引越し後、何か大きな問題が発生したのでしょうか？
ここまで不信感を募らせるには、何か大きな原因があったように思います。目を皿のようにして、書面や図面上の不備を一生懸命探すより、その「大きな原因」を明確にして、素直に先方と話されてはいかがでしょうか？

FCのネームバリューやブランドイメージを信頼されて購入されたのだとは思いますが、どんなに大きなハウスメーカーであれ、FCであれ、実際に手を動かすのは地元の工務店さんや大工さんです。地元の工務店さんであれば、今後もその地域で活動を続けなければなりません。よって、普通であれば、誠意的に対応してくれると思うのですが・・・・。細かな技術論議や法的論議以前に、その工務店さんとの信頼関係を回復されるよう、お祈りしてます。

家電や車のように品質管理された物と異なり、住宅は「規格品」と称していても、実際は全て手づくりの一品生産です。よって、残念ながら、品質のバラつきは発生してしまいます。また、作り手の工務店や大工さんの技術レベルの差もピンキリですし、お客様に対する説明の仕方がが下手だったり、あるいは、自分達の知識不足が露呈するのを恐れて、ついついその場しのぎの言い訳や小さな嘘をつきがちです。それはほとんどの場合、大きな悪意をもって、恣意的におこなっている訳ではありません。私のお付き合いしている大多数の工務店さんは、「稚拙」ではあっても「巧妙」ではありません。

不信の種を一個一個つぶしていくために、技術論や、法律論を持ち出すことは簡単ですし、ある程度の費用をかければ、全てに〇×をつける事も難しくありません。ただ、全てに白黒ついたからといって、今後、isseiさんが今の御宅で「幸せに」暮らせるかどうかは別と思います。

賢明なisseiさんはお気づきのようですが、家づくりにはある程度、「鈍感さ」「曖昧」「いい加減さ」も必要なのかな？とも思います（無論、限度はありますが・・・）。

例えは変ですが、結婚生活に似ているかもしれませんね。結婚前と結婚後では、こんなはずじゃなかった、、というのは、どのご夫婦でも大なり小なりあるはずで、それでも、幸せな家庭を築けるのは、「寛容」というゆとり巾があるからだと思います。

今すぐに、、、は無理かもしれませんが、穏やかに折り合いをつけられるよう、お祈りしています。
ただし、先方が明らかに悪意をもって対応しているのがはっきりした場合は、これは断固として全ての手段を講じて戦うべきでしょうし、その場合は応援しますよ。

蛇足ですが、、、必要以上に悔いてみたり、ご自分を責めたりもされないように・・・。少しづつ、「ゆとり巾」を拡げてみてください。