回答が付いていないようなので、少し遅くなってしまいましたが、私は現場監督の立場からの意見となりますが参考になさってください。

深刻な問題だと思いますが、営業の方が良心的に動いてくれているのが救いですね。肝心なのは契約解除というか、資金の回収だと思います。木造だと思いますが、すでに上棟してる状態だと思いますので、契約金、着工金、上棟金まで支払済では？現在の工事進捗状況に見合った金額であれば良いのですが、戻ってこない費用が生じるとそこが重なって負担する部分になるので、そこは回収したいですね。

その上で、分離発注とは、家を最後まで完工させるという意味では申し分ないのですが、現場の監理者はどなたがなるのか？建物全体としての保障やアフターは受けれるのか？という点が心配です。できれば、その建設会社の仲間の工務店、例えばどこかの組織に加盟していてその同じ加盟店など、別の建設業を持っている会社に請負直してもらえるのが理想だと思います。最悪、工事を予定している大工さんや内装屋さんなどで建設業を持っているところもあるかもしれないので、そういう形をとるのが良いかと。分離発注して各業者は各施工部分しか知らないよっていうのは少し心配です。

合わせてその新しく請け負ってくれる工務店さんが、途中からでも建物を保証してくれてなおかつJIOに登録されていれば、JIOの保証を申し込みし直すことによって保証を受けれるかもしれません。これはJIOに確認した方が良いでしょう。あくまで保証をする工務店があってこその保険や保証なので。健闘をお祈りします。