参考になるかどうか、経験談からお話します。

昔のマンションの給湯配管は銅管を使っていました。（現在は少ないです）
床転がしの給湯管が床仕上げの釘に打ち抜かれたための漏水事故は以前は時々ありました。
どういうわけか、竣工後まもなくは発生せずに、竣工１年検査の際、、それも関係者が何もなくてよかったねといなくなってから発生し、連絡を取るのに往生したことが何回かありました。（もちろん竣工後間もなくでの発生もありました）
打ち抜いた釘が腐食して隙間ができ、漏水に至るまでにその程度の時間がかかったという事です。

「たまぽ」さん宅の排水管（配水管ではありません）の材質は何ですか？
また、釘が刺さった状態はどうなっていますか？
竪配管に横から去っていたのか、
横配管に、上、下、横のどちらかから刺さっていたのですか？

いずれにしても、排水管は塩ビ管と思われますので、釘が腐食して漏水に至るまでに２年間かかったのでしょう。

類似事例で判断する限り、漏水で天井にシミができるまでは、漏水はなかったものと考えられます。
気が付くのは遅かったのかもしれませんが、漏水すれば、その次には床に水滴が落ちます。

今までに降った雨量等が御心配でしょうが、漏れが分かるまでの分は殆んど排水されています。また三階の洗面ボールの面積からは、排水管に流れる雨水量は僅かであるかといえます。
また、下からの釘孔でない限りは、排水が穴の高さまでは達しないと思います。
天井のシミに気が付く前に「たまば」さんの３階のボールで大量の水を流していませんか？

雨は毎日降るわけではありません。
漏水は、もっと早い時期に発生していたかもしれませんが、微量のため天井にシミになる前に乾いてしまったものと思われます。

点検の日に天井からボタボタと水が落ちたということですが、腐食が進んだ後のことです。２年前からこのような状態であったわけではありません。

木材は油脂分を含んでいます。皇居の石垣の松杭のように、長期間水に浸かっても問題ない場合もあります。多少水にぬれたからといって強度に変化はありません。

という事から判断すると、対策としては現状復帰で十分である思います。天井のシミだけでは、漏れた水は広がっていません。もう少し大量の漏水になれば、躯体の柱などにしみこむ前に、床に水滴が落ちます。


それほど心配されることはありません。