家づくりにおいては、床下面が外部地盤面（GL）より高くなるのが基本です。
大雨や洪水の際に水が浸透してこないようにするためです。
浸水ハザードマップに掲載地域と言うことであれば、不安になるのも理解できます。
この浸水ハザードマップは、いつ来るかわからない津波や洪水を想定しています。

私達が一般に住まいする住宅は、平素の雨水対応がなされているかが課題となります。
水の浸透性の高い地質の敷地なら、床下面の高さを気にする必要は殆どありません。
多少、浸透率の良くない敷地でも側溝への水捌けが良い場合は、問題など起きないものです。
浸水ハザードマップ記載と床下面、GLだけで判断せず、上記のことも考慮しているかどうかを確認すべきです。

本件の場合は、業者側から図面や仕様書が提示され、工事が此処まで進んでおり、施主と、施工者側とのトラブルになれば、大きな紛争になることも想定されます。
水浸透の悪い敷地であっても、側溝水捌けとドライピット設置などの「ハード的な対応策」はありますので、業者側と前向きに相談することが賢明だと思慮されます。

初めに質問です。

玄関土間が道路から１５０下がっており、図面表示はＧＬ‐１５０となっていることは、ＧＬ＝道路レベルと考えてよいですか？
また、敷地のレベル（ＧＬ？）と道路レベルの関係はどうなっていますか？
１階の床レベルがＧＬ±０と云う事は、ＧＬ＝道路レベルとすると道路冠水時に床上浸水するということになります。
基礎の上端のレベルはどの程度ですか？
基礎には高さがありますから基礎は殆んど地中に潜っている状態となりますね。

ウォーターハザード地域と云う事ですが、水位はどれほどですか？近くに河川がありますか？最近は都内でも集中豪雨による道路冠水はよくみられます。
どのような解決策を考えておられるのですか？建築士からアイデアが提案されていますか？

玄関土間及び１階床レベルが低いのは、３階建てのせいです。地域の高さ制限や斜線類の制限の中に、最大の容積率を入れようと努力した結果と思います。
この際に、浸水に対する配慮を忘れたとはお粗末なことですね。

浸水対策としては、床を上げるか、敷地の周りに浸水防止用の塀か土手を作るかです。
床を上げるには、基礎を増し打ちして、１階のレベルを上げることが必要です。（玄関土間も増し打ちする）全体の階高や、高さ制限・斜線制限が不明ですが、制限をオーバーする分は３階の階高を低くすることにより、現在施工中の図面は使えます。
居室として使えるかどうか、３階の用途しだいですね。
構造のチェックは必要です。いずれにしても確認申請は出しなおしとなるでしょう。
　
提案はしましたが、周囲に塀を作る案は賛成できません。玄関部分に止水板が必要ですので、豪雨のたびに設置するのは面倒です。（夜中に道路冠水したら床上浸水です）。また、道路が冠水すると、排水管から逆流します。

　建物が計画される敷地には、高さ制限・斜線制限がありますから、初めから、浸水に配慮した設計をすれば、３階は十分な階高は取れなかったはずです。
今から、設計しなおしても同じことです。
１階の床レベルを安心できる高さに上げて、３階をどうするか打ち合わせるのがよろしいかと思います。