いろいろな減税処置や補助金制度があるので、判りにくいですね。（＾＾

そもそも、断熱等級というのは、設計性能表示制度という住宅を総合的、数値的に評価する制度の一分野の物差しにしか過ぎません。断熱以外にも、耐震性や劣化、防犯性なんてのも、ある程度数値的、客観的に評価できる仕組みになっています。

大変便利な仕組みななので、国や地方自治体が行っている施策や制度は、それを行う条件として、設計性能表示の中から、目的に応じて、その分野や、レベルを設定し、「物差し」として借用しています。また、目的に応じて、様々な他の条件も付加しています。例えば、「省エネ」が目的であれば、「断熱等級」という物差しで測って「等級４」で、尚且つ「エネルギーをあまり使わない暖房機器を使ってね」みたいな感じですね。それが無理なら、「国産の木材でもいいよ」あるいは「地震に強い家なら、まぁ、、いいか」みたいな緩和条件や、付帯条件が様々にあるので、どんどん判りにくくなります。

「エコポイント」や「相続税の減免制度」も、そんな建て付けになっている制度のうちの一つですね。ご依頼された設計士さんのおっしゃている制度も、どの制度の事なのかは判りませんが、そんな中の一つと思います。

きっと設計士さんは、「補助金を貰うのが目的なら、、、」という主旨で、エコポイントとは別の制度の説明をしたかったんだろうなぁ、、と想像します。

様々な制度があり、それに使用する物差しも全て異なっています。また、補助金や減免される金額が大きければい大きいほどハードルも高くなります。目的とそれによって得られる特典のコスパを冷静に整理してみてください。

「断熱等級４」の表示が欲しいだけであれば、設計性能表示制度を使えば、ラベリングはしていただけますし、その設計通りに作れば、相応のコストをかけた暖かい家にはなります。

制度ごとに異なる「目的」「手段（使用する物差し）」「それによって得られる結果」を設計士さんと「整理して」話し合われてください。

>エコポイントで言うところの「断熱等級４」と住宅性能表示制度での「断熱等級４」は別のものなのでしょうか？

エコポイントの条件として、木造住宅であれば下記となります。どれも、言葉は似ているのですが、物差し（基準）としては異なります

一次エネルギー消費量等級4の木造住宅
断熱等性能等級4の木造住宅
省エネルギー対策等級4の木造住宅

住宅性能表示で使われるのは、「断熱等級」ではなく「省エネルギー等級」という言い方になります。

http://shoenejutaku-points.jp/user/apply/build01

多分、設計士の方も、あなた様も、似た言葉を、お互いの解釈で、混在しながらお話し合いになっているのだと思います。
もしかしたら、設計士の方も、悪意はなく単に混乱しているだけかもしれません。とにかく、一度、お二人で正確に整理してみてください。

住宅性能表示は、単純に申請し、基準にさえあっていれば、認定書は出ますので、期限のあるようなものではありません。
補助金目的でなければ、「いい家」が出来るという意味で、取得しても損は無いと思いますよ。