住宅エコポイントは「期限付き」「先着順」の補助金制度です。
間に合わなっかったのはお気の毒に思いますが、それを「詐欺」とおっしゃるには、先方が「悪意を持って」「故意に間に合わないようにした」事を、あなた様が証明しなければなりません。

相当に難しい作業になるでしょうし、そもそも「悪意を持って」「故意に引き延ばし」施工者が利するような事は無いように思います。（トラブルになるというリスクはあるにせよ）

締め切り後は、補助金はどうやっても出てきませんので、その分を工事費をもって、幾分相殺するような交渉をされてみては如何でしょうか？
あまり「詐欺」というような言葉を使って、責任追及するような交渉ですと、先方も態度が硬化するだけだと思いますよ。