こちらが判りやすいのかな？と思いますが、
http://www.judanren.or.jp/myhome/chance2.html

あなた様が「ローン」を使う予定だったのであれば、ローン残額に応じて、「税額控除」される場合と、一括現金で契約されるつもりであった場合に「税額控除」されるパターンの２種類があり、それぞれ計算の方法が異なります。

肝心なのは、あくまでも「所得税から控除」という部分です。

失礼な言い方になるかもしれませんが、それほど所得税を払っていない方は、あまり恩恵は無いかもしれません。

例えば控除される金額が、５万円であっても、そもそも２万円しか所得税を払っていなければ、その２万円がチャラになるだけよ。。という事です。
極端なお話は、「扶養者控除」「医療控除」などで、所得税支払額が限りなく「０」に近い場合は、控除されるべき所得税がありませんので、何も変わらない・・・という事になります。

残念ながら、あなた様の前提条件、つまり年間所得や控除用件（ご家族構成や、組もうとしていたローンの内容など）が全く判りませんので、お答えのしようがありません。仮に、長期優良住宅の税額控除の恩恵に預かる場合は、確定申告においてご自分で申告しなければなりません。

ちょっと、面倒くさいですが、ご自分で計算されるか、いつもお使いの税理士さんなどいらっしゃいましたら、ご相談されて下さい。