多分、ご推察になっている通り、構造的には問題ないと考えますが、いつまでも「心の棘」として、あなた様に残ってしまっては困りますよよね。

別に、「気になるので直してください」と大工さんに、お願いする事は、おかしなことではありませんので、早々に、言ってみてはいかがですか？
逡巡している間に、内外装が出来上がってしまうと、直したくても直せなくなりますし、その時に大工さんにお願いしても、「今更かい！！」と、話がこじれるだけです。

妙に遠慮して、卑屈になる事もありませんし、かといって、居丈高になる必要もありません。普通の人間関係と同じですよ。