木材には様々な等級が設定されています。それは、既に製材工場で選別されており、工務店さんが、入荷前に部材の一つ一つをチェックする事はありません。

拝見する限り、見えなくなる部分に使用される木材としては普通程度の材料と思いますよ。もちろん、節や欠けのない無い材料を使用する事は可能ですしその方がいいのですが、それらは、和室などの造作材（見える部分）に使うのが一般的で、「見えない部分」にまで使うとなれば、とんでもないコストになりますよ。あくまでもコスト見合いですね。

あまりにも大きな節や欠けは、材料を取り換えて頂く程度が、常識的な対応でしょう。今の時点で決して「思いやりが無い」とは思いません。

イメージとしては、、、
みかんやリンゴが、選果場で、ある程度等級分けされ、箱詰めになり、そのまま出荷されている・・・のと同じです。お店に並べる際に（並べた後に）仮に、腐っているのがあれば、取り換えます。そんな感じでしょうか。。。木材といえども「流通品」の一つです。

構造的な検証などせずとも、二本程度であれば、お願いして取り換えて頂くのが宜しかろうと思います。
「構造上」の問題よりも、あなた様の「精神安定上」のためにも。