昨年12月に契約及び工事開始しました。今年の1月に上棟し、外壁を設置する段階になってハウスメーカーさんから以下の説明がなされました。

設計図では無いはずの梁が出てしまった。工場のプレカットの段階でのミスであるが、耐震構造に問題はない。ただ、梁が出るため仕上がりが変わってしまうとのこと。
相談内容は玄関ポーチの軒天井の部分です。もともとフラットに仕上がる予定でしたが、梁の影響を受け、そこだけとび出る形にするか、軒天井自体の高さを下げるかの選択を迫られました。
軒天井の部分を張り替える予定なので、外観的にとび出る形の選択肢はなく、軒天井を6センチほど下げる方を選択しました。しかし、軒天井を下げる事により、玄関脇に設置済みの窓と、換気口を取り外して付け直す必要があるとの事です。
工事が進んでいるため、元の設計図通りにはできないとの事です。
我が家は木造2階建、断熱は吹き付けのアクアフォームというもので、外周を透湿防水シートで覆われております。

上記状態について質問させてください。
取り付けた窓や24h換気口を取り外して再設置することで断熱性能などに影響はありますか？
ハウスメーカーは、ホームセンターで市販している吹き付けの発砲ウレタンで再吹き付けし、切れる透湿防水シートは防水テープで補修するから機能に影響は無いと説明しておりました。

天井が下がる事も嫌ですし、一度設置した窓や換気口を付け直す事にもためらいを感じます。
ハウスメーカー側からはプレカット段階での確認ミスと説明を受けました。
瑕疵に当たるほどでは無いでしょうが、個人的には納得できないので補償を求めようと検討しています。それとも建築にあたってはよくある大した事では無いのでしょうか？
建築に関して素人なので教えてください。