大丈夫かどうかは施工した工務店が判断すべきところですが。

個人的には見た感じですと２cm近く隙間がありそうですし、その隙間に打ったコーキングが大きすぎてひび割れ安くないのか。大きすぎて縮んだ際にベンツを引っ張り新たなすき間が生じないのか。将来コーキングを打ち替える必要が出たときにベンツを壊さずコーキングを撤去できるのか。その際ベンツを交換する必要が出た場合に容易に交換できるのか。などなど、思い当たる心配事はありますね。

軒の出の納まりを事前にきちんと計算してあれば、すき間はゼロかクリアランスを見ても５?ほどで納められると思います。その計算を間違えたのだと推測します。にんげんですからまちがえはあるとおもいますが、それなら対処はコーキングではなく、外壁と同材かアルミや板金で納めるのがより安心できるかと思います。