売買にあたり重要事項説明という手続きがあったと思います。仲介業者は法的に定められた事項について説明義務を負います。「増改築の有無の事実」が説明義務事項にあたるかどうかは、判りませんが、その増築工事が違法で行われたものであり、その説明が無かったとなれば、これは説明義務違反と思うのですが、、、。

普通に考えて、3階建て木造の増築工事であれば、これは面積に関わらず、構造計算を伴った確認申請が必要になるはずです。その行為がなされていなければ（無確認建築）、これは建築基準法でいうところの「既存不適格」ではなくあくまでも「違法建築」となってしまいます。建築基準法の手続き上は、今からでも相当の技術的基準に従って、確認申請を行い、確認済証、検査済証が発行されれば、これは違法→遵法の建物となります。

まず、そのあたりの事実確認を行った上で、齟齬あるようであれば、あくまでも「違法建築物」を「遵法建築物」にするための調査・設計･工事費用として、交渉されてみては如何でしょうか？その時の先方の出方で、今後、弁護士さんなどに相談されてはいかがですか？

ただ、、、私、、、宅建主任者ではありませんので、少々、、怪しいです。。（＾ｍ＾；；；；
重要事項説明（記載義務事項）について、どなたか、お詳しい方に聞いてみてください。。