この穴の何を気にされているのでしょうか？

>白蟻などの虫や湿気が屋内へ入らないか心配です(>_<)

白蟻などは無いとは言いませんが、杞憂でしょう。
周辺の環境に配慮がされれば、最近の工法の家は、まず、室内まで行くことは無いと思われます。
湿気の室内への侵入は、今後の工事で床下の「防湿施工」が、（当たり前に）されていれば問題は無いと思われます。
具体的には、「ビニールシート」とか「ポリフィルム」とか呼ばれる、要は防湿層が床下の土の上に敷かれていて、それの重ね、押さえ砂（土）などが間違いなく施工されていれば、良いのです。

>また、大雨の時に穴から雨水が入るのも恐いです。

それは、基礎の最下部（ベース）より深い部分を、無視していませんか？
地下水も考えてませんよね？
ましてや、それくらいの小さい穴により入るような「浸水災害」ならば、すでに基礎の上からなり、周りからもっと多めに浸水するでしょう？

ベタ基礎なのでは？床下の床の部分を始めに平らに打設して、立ち上がり部分を次に打設、という順番でしたか？ベタ基礎の場合、基本的には耐圧版(床のような部分)は地面より高くするので水は入りにくいですが、数cmなので絶対ではありません。最後にモルタルで基礎周りをお化粧すると思うのでそれでふさがるとは思いますが、その前に一度、穴だけモルタルなどで塞いであげればより丁寧ですね。

確かに昨今の基礎パッキンの工法では床下の湿気対策も万全でシロアリ被害も激減しているそうですが、ゼロではありません。建物の周りにダンボールや木材を雨ざらしにしたり、切り株なんかあってもシロアリを呼び込む材料になります。敷地内だけでは収まらず、隣地の影響を受ける場合もあります。難しいことではないので丁寧にしておくほうが好ましいと思います。

シロアリの建物への入り方の１つとして、シロアリは湿気を好みますから、基礎立ち上がり部に蟻道を作ってパッキン部から侵入するというケースがあります。このような穴が開いたままになっていればこちらが最短なので、蟻道が短く発見しづらくなるということも考えられます。