>もうすぐ家が完成してからは1年半になります。
>重い物などは置いてないのですが、そんなに簡単に巾木とフローリングの間にはすきまができるのでしょうか？
>工務店に相談したところ木の乾燥の為、ある程度は仕方がないとの返答で、修理などもできないと言われました。

1年半・・・ということは、工法により差はあるでしょうが、あり得ることでしょうね。
工務店の言っていることも、ほぼ　間違いは無いでしょう。
「修理」は困難ですが、「補修」はできませんか？と言ってみたら、いかがですか？
隙間の「シーリング」をする。と言ってよこすでしょう。キット
工法により・・・・の部分は否定できませんが、ほぼ　それで十分と思われます。

問題は、

>二階床の構造は、上からフローリング床材、石膏ボード、合板となっています。 　

石膏ボードを挟むというのは、「音」絡みのことでしょうか？専門の遮音ボードが使用されているのでしょうか？一応の確認として。
これがつぶれて・・・と言うことであれば、遮音ボードの部類ではなく、通常の石膏ボードを使用していることになります。

ただ、おっしゃるとおり、床全体のレベルが大丈夫であれば、「経年の乾燥収縮」で、間違いないでしょう。

このようなことは、実は当たり前にあることで・・・
そのために、巾木の下部に「ゴム」をつけたり、スライド巾木にしたり、いろいろとメーカーも施工者も考えているわけです。　１年とか半年とか各施工者が「定期点検」と称して補修してあるく項目のうちの一つですね。
あまり、神経質にならなくとも、「構造的な問題」とか、「致命的な欠陥」とか・・・心配は必要ないことです。

　　

通常の工法だとここまでの隙間はあまり見たことがありません。

>二階床の構造は、上からフローリング床材、石膏ボード、合板となっています。

これは通常の準耐火仕様ですので問題はありません。外断熱で壁内まで乾燥状態である工法ということなので、隠蔽部の乾燥も通常より進んでいて、床下地合板を支える根太や梁などが乾燥収縮したんでしょうね。フローリングや合板がこんなに収縮するのは想像できません。おそらくもっと大きな梁が痩せたのかなと思います。

床は梁に、巾木は間柱に留めていると思うので、針と間柱の緊結がどうなっているのか気になりました。釘留めなんでしょうけども。そこを工夫していればこのような現象は押さえられていたかもしれません。

またこの隙間にシールを打つのは誇りを呼ぶのであまりお勧めできません。手間(費用)がかかってしまうかもしれませんが、２、３年して乾燥が落ち着いた頃に巾木を交換したほうがきれいに行くと思います。隙間によってはクロスも張り替えないといけませんが。建具枠の隙間は補修屋さんですかね。その辺の費用負担を少しでも、という交渉をされてはいかがでしょうか。保証対象外だと思いますが、先方の善意に期待するしかありません。

この巾木、少し小さめのサイズなので、大きめのサイズに交換すればクロスはそのままでも大丈夫かもしれません。隙間自体が気になるようであれば、巾木をつける前に中にシールを打つとホコリはあまりつかないと思います。