まだ完成、引き渡しにいたっていないと推測しますが、それで良いでしょうか？

であれば問題は無いと思われます。

まず、　

>写真のとおり、浮いたところに、残りの廃材や紙くずや釘を詰めたままとなっており、

これは、詰めた物・・ではなく、貼った時に落ちないように乗せた台ですね。固定されれば、撤去する物です。

>タイルの一番下の基礎部分が、地面から浮いていて 空洞になっています。
>メーカーに確認しましたら、中の方はモルタルで固めてあり、強度も問題ない。そのままでいいとのこと

メーカーのいうとおりですね。タイルの寸法に合わせて、コンクリートにモルタルを塗り、寸法を調整し、タイルを貼っているのです。

で、最後に　ここを含めて周辺に土盛り、犬走りをして、完成ですよね？
この辺はもう少し土に埋まることになります。

もう少し待っていただけば、きれいに見えるようになります。
この時点でこの状態は決して、問題ではないし、手抜きとかではありませんよ。