掛物の使用時期が不明ですが、新築してから間もなくトラブルが発生したのですか？
竣工後（同居後）しばらくしてから発生したのでしょうか？

においが２回洗面所の流れるパターンが２つあります。
? 1階料理時に、レンジフードを運転した場合、
? 1階料理時に、1階の窓を開放しレンジフードを停止した場合。
いずれの場合も、２階の洗面所ににおいが入るということですね。

においのルートは、A建物内部経由か、B建物外部経由の二つが考えられます。
Ａは現場監督Ａさんの見解です。
２階洗面所の換気扇は２４時間換気になっているでしょうから、１階（特に厨房部分）と２階の間に隙間・空間があれば厨房内または厨房天井内のにおいを吸い込みます。
臭気のルートは次のように考えられます。
１階厨房　⇒　１階厨房内天井　⇒　２階洗面所まわりの床・壁　⇒　２階洗面所　⇒　洗面所換気扇により吸込み。
この場合は、そんなに隙間があるのか疑問ですが・・・。

原因については、現場監督Ａさんの指摘（（イ）ダクトの施工不良）の他に以下のことが考えられます。
（ロ）レンジフード内の逆流防止ダンパーが油等で固着して開かない。
（・・・・ご両親が海外旅行など長期間留守にした場合におこることがあります。）
（ハ）厨房排気口と隣地の距離が短く、排気ダクトに防火ダンパーが設置されていて、これがなんらかの原因で作動して、排気を塞いだ。（・・・住宅設備でついているかは疑問？）
（ロ）、（ハ）の場合は、(イ）の接続不良が加われば、天井内に厨房排気を盛大に吹き込みます。ただし、１階厨房の排気不良となりますから、すぐ気が付くことと思います。

Ｂ．建物外部経由の場合は、一旦外に出た厨房排気が、洗面所排気ルート（排気口 ⇒　排気ダクト　⇒　浴室換気扇　⇒浴室内）から逆流してきたことになりますので、洗面所換気扇の運転中ですから、一般的にはありえないことです。
レンジフードと浴室換気扇の力関係でまれに逆流が発生しないわけではないですが、念のため、長い棒の先にティッシュペーパーを細く裂いたものを取付けて、１階レンジフード運転時の、洗面所の風の流れを見てください。

厨房レンジフード運転時にもにおいがあるということですから、この場合は臭いの流れはＡです。したがって、想定原因イ、ロ、ハについて調べてもらってください。

現場監督Ａさんの１つ目の指摘、２階換気扇ダクトのつなぎ間違いの場合は、外に出た１階の排気を吸い込んで洗面所または浴室に排出していることになります。
それぞれの吸い込み口（換気扇）に、ティッシュペーパーを細く裂いたものをあててみて、空気が吸い込まれているか、吹き出してくるか確認してください。　　
また、浴室・洗面所の外部排気口から、排気が吹き出しているか、吸い込まれているかについても調べてください。

２階の換気設備の機能チェックですから、１階のレンジフードの運転とは関係ありません。ここまでは、「まいか」さんがチェックすることです。

吹き出して来れば、つなぎ間違いすなわち工事ミスですから、工務店に直してもらってください。

両方とも吸い込まれていれば、２階浴室・洗面所の換気設備は正常ですから、臭いのルートは別になります。

その場合の原因をいろいろ上げましたが、建てたすぐからということですから、現場監督Ａさんの２つ目の指摘、１階厨房の排気ダクトの接続不良が原因と考えられます。
ただし、接続不良が原因としても、天井裏に漏れた臭いが、洗面所に出てくるのが不思議です。２階の各室で臭いが感じられるはずであると思います。

まずは、２階浴室・洗面所の換気扇の吸い込み状態を確認してください