スジカイ金物は製造メーカーや、対応出来る許容応力（倍率という言い方もします）、形式（止め付け方）により、それぞれ認定を取ったビスの本数が定まっています。ですから、定められたビスの本数より少ないとなれば、これはNGです。

但し、金物に開けられたビス穴は、スジカイの角度がどのようになっても対応できるよう、多目に開けられている場合もありますので、全てのビス穴にビスが打ってなくともOKの場合もあります。この場合は、ビスの打ってない穴が残りますので、見た目は少々不安になりますが、問題ありません。

また、スジカイと併用し、外壁の下地材（合板など）にも、地震力を負担させる前提で設計いしている場合もあります。

いづれにしても、早々に施工者に説明を求め、仮にNGの場合は、対策を求めるべきでしょう。

＞構造計算はしてないような気がします。

「構造計算」の捉え方ですが、難しい計算書は、木造2階建ての一般的住宅で行う必要はありませんが、簡易な「スジカイ計算」とか「壁量計算」とか言われるものは、「建築士の設計する建物」では必ず行わなければなりません。但し「確認申請書」にはその添付は必要ありませんよ・・・という特例があります。
つまり、「建築士が設計するんだから、役所がいちいちチェックしなくても当然やっているよね・・・」という法律上は建付けになっています。

その壁量計算では、計算を簡易にするために、基本的には「認定品」を使用する前提となっています。「認定品」とは認定試験を行った時と同じ条件において現場で使用されるという想定ですので、試験条件と異なる（ビスの不足など）ケースは設定されていません。

回りくどい言い方ですが、ようは「認定品はそれを使う限り、定められた条件以外はＮＧ」という事です。

実際は、仮にビスが1本不足していても、想定された耐力から何％か減程度で、「0」ではありませんが、では、1本少ないと何％減となるか、、などという計算は、相当に難しく、根拠をもって、、、少なくとも私は出来ませんねぇ。。

>筋交いプレートのビス不足は、構造耐力上主要な部分の瑕疵になると思うのですがどうでしょうか。

事実であればそのように判断せざるを得ません

＞建築会社に強く出ていいものでしょうか。

私が申し上げる立場にありません

＞瑕疵担保保険に加入しているので、構造耐力上主要な部分の瑕疵でしたら保険で修理になるのでしょうか。

まずは、本当に不具合かどうか、どなたか判断できる方に、確認して貰ってください。

その上で、仮に不具合であれば、補修については相当に大掛かりな工事になり、当該業者さんも素直に応じてはくれないと思います。
補修義務は業者さんにありますので、そちらとの話し合いが先です。その話し合いが何らかの形で決着しない限り、引き受け瑕疵保険法人も対応してくれないと思いますよ。

工事の不具合あったんだけど、第一義に責任を負うべき施工業者と、話し合うのは面倒だから、お金だけ頂戴・・と言っても、保険法人が支払ってくれるはずもありません。
いろいろとお調べになるスキルをお持ちのようですから、そのあたりの理屈はご理解いただけると思います。

それが宜しいかと思います