当該業者さんとの「やり取り」に関してのコメントは控えます。。が、確認申請書原本の再発行についてだけ。。

各地域の特定行政庁や、確認審査機関によって、多少、事務取扱は異なるかもしれませんが、基本的には確認申請書副本及び検査済み証の再発行は出来ないはずです。
「確認申請が適正に行われた事」「竣工検査が行われ、検査済み証が発行されたこと」の行為の事実に関する証明書は出てきますが、確認申請書副本原本の再発行は出来ないはずです。

ここでいう「確認申請書副本原本」とは、当該業者さんが保有している、確認申請に使われた、、、と称する図面などでは無く、検査機関が実際に確認した旨、図面の1枚1枚に押印してあるものです。いくら、「この図面、、、確認申請の時に使ったんだよね・・・」と当該業者さんが、保管していた図面を出してきて言い張っても、それを本当に検査機関が見たかどうかの証明にはなりません。

「確認申請が適正に行われた事」「竣工検査が行われ、検査済み証が発行されたこと」の証明書があれば、当面は、困るような事はありませんが、将来、増改築などの行為を行う時に、「手続きはやった証明」はできても「当該建物がその手続き時に申請した通りかどうか？」は証明できないので、相当に手間がかかります。当然、それに伴い、費用も多少かかり増しになります。

また、確認審査機関も申請書正本を保管してはいるのですが、ある程度期間が過ぎると廃棄してしまいます。

まだ、竣工して間もないようですから、確認検査機関がどこだったのか、早々に当該業者さんに確認し、検査機関に直接、お問い合わせ、相談されることをお勧めします。何か知恵をだしてくれるかもしれません。

当該業者さんとの確執は、横に置いておき、将来の為に、まずは確認検査機関に相談する事を副本を紛失するレベルの業者さんには任せず、ご自分で対応されるようお勧めします。

同様に、瑕疵保険引き受け法人にも、ご自分でご相談なさってください。確認申請の副本よりは、ハードルは低いと思いますし、保険証書が無いと保険が無効になるような事は無いかと思いますよ。

当該業者さんとのやり取りや、感情的確執の解決は、それらの書面などを担保してから、ゆっくり策をお考え下さい。その方が、緊急避難的には、あなた様の為になるかと思います。