JIS規格とは一定の条件の中で検証した規格です。
コンクリートは、コンクリートの出来た時間と打設した時間、その時の状況などによっても強度が異なります。
規格抹消されたコンクリートの全てが強度不足とも言えません。

本件が建築基準法に抵触するかどうかは、文章だけで判断出来ません。
それより、瑕疵担保履行法を重視すべきです。
ハウスメーカーは、基礎コンクリートも含む構造体に瑕疵（不具合）責任を負うことが法的に義務化されております。

本件においても後日コンクリートに問題が生じた場合の責任は、法的にハウスメーカーが負う事になりますので、心配はないと推察されます。