>メーカーが持ってきた天板のＬ字溶接部分に不陸があり
>その上にまな板を置くとガタガタして不安定になってしまう状況です。

　状況の詳細が不明ですが、溶接部分が盛り上がった感じ　になることは、避けられないことですが？それでは無いのでしょうか？
　避けられない・・・・ではなく　どちらかというと、盛り上がりを「０　」にすることは、不可能と言うことに近いと思います。
Ｌ型に合わさった相互の天板に段違いがある。と言うことであれば、当然のこと　交換だと思います。

>同じ溶接部分の周りはバックガードに向かって下がるように傾きが生じています。

　これも、詳細が不明ですが、できれば「シンク」に向かって下がるようにすることが理想だと思います
　天板ではなく、キャビネットの設置時にバックガード側に少しパッキンを掛けることで対処できませんか？

>常識的に考えて、天板は完全にフラットであることがキッチンの基本性能だと思っていたのですが、

　先だって触れたように、シンクに向かって気持ち下げたい。手元に向かって気持ち下げたい。と考えるのが、私は「常識的」と考えます。
そもそも、床は、完全にフラット。とは限りません。
それに乗せるキャビネットも、天板ももちろん、完全なフラットには、ならないでしょう。ましてや、それをＬ型に組み合わせるなら、苦労するでしょうね。

例としてあげると、
天井は、フルフラットではありません。必ず真ん中を盛って作ります。床も同じように、フルフラットには、あえてなっていません。
　私の常識、他人の非常識・・・・も、あり得ます。念のため。