正直　普通か？と言う質問には、普通にあっては、あまり良くはないのですが、
よくあり得る。と言う感じでしょうか？

問題視すれば、問題なんです。厳密な意味では。
かといって、それで基礎が壊れるか？とか、家が崩れるか？と聞かれると、
あり得ない。と言う返事になります。　

自家用車の４本のタイヤの内、１本がたまたま空気圧が他より多いなり少ないなり、違っている。
これ自体は、すぐさま「整備不良」とか「事故直結」にはなりません。
かといって、それで運転が快調か？というと、そうではないと思います。
その程度の認識で良いと思います。

まずコンクリートの部分を「基礎」、その上に横たわっている木材を「土台」といいます。正確な情報伝達のために念のため。

確かにそこまで心配することではないとかもしれませんが、建物の角でホールダウンのためのアンカーボルトがあり、おそらく耐力壁になるであろう部分の柱の下において、土台と基礎に隙間が空いてしまっている状態は是正は必要だと思います。継ぎ目を見る限りだと、基礎コンクリートを何度か分けて打ち込む際にこの部分は一番最後に高さを調整するレベラーが分厚くなってしまい、型枠をバラす際に角が崩れてしまったのだと。大工さんが土台を敷く際に何かが当たったかもしれません。隙間は埋めてもらいましょう。

基礎と土台がずれていることに関しては設計上わざとそうしている場合があるので気になるようであれば設計者が監督に聞いてみましょう。外周面のみコンクリートのかぶり厚さをとるためなのかもしれません。

基礎と土台が斜めになっているのは写真じゃよくわかりませんが、あり得る話です。基礎を作る際に「遣り方」を出して建物の位置を決めますが、その上に大工さんが土台を敷く際にまたきちんと形を見ます。基礎の上にただ置いていくだけなわけではないので、施工精度によって全てがぴったりなわけではないのです。

ジャンカもなくきれいに施工されていると思います。

レベラーと無収縮グラウトは全く同じものを使っているわけではないでしょうが、問題ないと思います。レベラーの方が流動性が高い(水っぽい)と思いますが、グラウト材も流し込んで固める際に使う材なのでそういう意味では同じです。養生期間も特別心配はないと思います。

5mmが許容範囲かどうかはその会社によって決めていると思いますが、おっしゃる通り、土台が基礎からはみ出していなければなんの心配もありません。あとは見た目の問題ですがそれも気にならないように仕上がると思いますよ。

わざわざ隙間を埋めるだけではなくて、土台を一度外して、グラウト充填してくれたり、説明の文章も素人の方にはわかりにくいかもしれませんがごまかすようなことはなく事細かに説明をしてくれています。とても誠意のある業者さんだと思いますよ。

あくまでも、たとえの話であり、
その程度の認識・・・・でお考えください。です。