屋根断熱で屋根の通気層のない木造2階建てです。外壁は外断熱のような施工になっており、また、立上がり壁になっております。屋根断熱と壁断熱の間（立上がり壁の下部分）に隙間があり、屋根断熱と壁断熱が繋がっていない状態でしたので、断熱材のない隙間部分にグラスウールを詰めていただきました。その際に撮られた写真を見ると、透湿防水シートの複数個所に雨漏り跡のような染みが写っております。2階の部屋の壁を補修する際に撮られた写真にも同様の染みが写っております。
担当した工務店・設計事務所の方は、新築工事の時にできた染みではないかとおっしゃっておりますが、屋根と壁の取り合い部分からの雨水の浸入や、屋根の結露の可能性もあるのではないかと懸念しております。
このような染みは、新築時に雨が降った場合、よくできますでしょうか？
また、原因を調べる場合は、どのような調べ方をすれば良いでしょうか？
以前、専門家の方から「天井に断熱材を入れて小屋裏換気をとるか、２重屋根にして通気層を作らないと、結露を起こす恐れが高い」とのアドバイスをいただき、工務店・設計事務所に相談しましたが、そのようにするのは困難とのことで、現在、可能な範囲での補修（断熱欠損部分をなくす）をしていただいているところです。
もし、染みが雨水の浸入や結露によるものであった場合、グラスウールを詰めて終了してしまっては、見えないところで被害が広がってしまうのではないかと心配しております。
ご助言いただきたく宜しくお願いいたします。