北海道ではあまりヒノキの土台を使いませんので、あくまでも理屈の上から、少々回りくどい、微妙な言い方になる事お許し下さい。

＞ひのきは乾燥の過程で割れてから硬くなるので、割れないとダメ

確かにひのきに限らず、木材は乾燥によって強度があがります。ここまでは間違いありません。ただ、だからと言って「割れないとダメ」なのであれば、「複数」の土台ではなく「全ての土台」が割れてくれなくてはダメなはずで、ここあたりは言い過ぎかな？と思います。そもそも、最初から乾燥した材料か、先方のおっしゃる「すでに割れて強度の増した材」を使えばいいはずですよね。

かといって、今、この状態が「危険」とは言えないと思います。材料はちゃんと「心持ち材（年輪の中心がちゃんと材料の真ん中にありますよね）」を使っていますし、構造計算上の理屈からは、このような割れ（干割れ）はあまり問題としません。土台のめり込み耐力というのが大事な要素なのですが、これは土台の太さや割れなどはあまり関係がありません。建物全体を考えると、むしろアンカーボルトがちゃんと入っているかの方が重要です。ですから、この割れが原因で、土台材とボルトがユルユルで遊んでいるような状態は少々、問題ありです。

無論、ご心配になっている「崩壊」だとか「破損」は、この割れが直接的な原因で起きる事は無いです。安心してください。

知り合いの信頼のおける本州工務店さんに確認しましたら、「そこそこいい材料使っても、まぁ、実際はどうしても数本割れるんだよね・・・・。だけど、シロアリの事やら総合的に考えると、ヒノキがいいんではないだろうか・・・」との事でした。

サイディングに関しては、どうも言い訳じみていますね。サイディングの収縮をどこかでアジャストするという考え方は「アリ」だとは思いますが、わざわざ漏水のリスクが高い「ここじゃぁなくてもいいでしょ！！」という気がします。通気層工法ならまだしも、直貼りしているのなら、漏水の原因をわざわざ作っているような気がします。この一箇所だけであれば、取り替えていただいた方がいいですね。

工務店さんは、お客様に何とか納得いただこうと、少々、「言い過ぎる」場合が多いようです。

齋藤さん、ありがとうございます。あやうくミスリードするところでした。

toshizoさん、
□型　のサイディングを窓の位置関係で　』型　にせざるを得ず、直角のへこんだ部分から、折れないようにするための処置のようです。
マニュアルに掲載されているようですから、お願いして見せていただいたら、安心なのではないですか？
勘違い、ごめんなさい。