福地先生もおっしゃる通り、本来鼠などの害虫害獣駆除は建築の分野の本業ではないのですが、よく相談をいただき対応することがあります。最終的には専門業者を紹介、または役所に問い合わせてもらいます。

３枚の写真から感じることですが、ざっと見てこのくらいの時期の建物は軒天井がもろいです。特に１枚目の写真の低い棟とお隣の外壁が取り合う部分など、降った雨がぴちゃぴちゃと跳ねてお隣の軒天井に当たるなどすると、軒天井自体が朽ちて浮いたり、留めてる釘が錆びて剥がれたりはよく見ます。その隙間から猫が入ってくると言われたこともありましたよ。２枚目の写真はどういうリフォームしたのかわかりませんが穴が小屋裏と直接つながっているかどうかだと思います。３枚目の写真は１枚目と似ていますが、軒天井がないのでその部分は入りにくいと思いますが、瓦の屋根が二方向から下って折り合うところ、下に捨て板金が入っていると思います。ただ気持ち勾配が緩いので、捨て板金が小さいと、オーバーフローした水がかすかに野地を痛めて穴が開いているかもしれませんね。普通の雨だと大丈夫だけど、台風や大雨の時のみ濡れて乾きにくい、という状況だと可能性はあるのかもしれません。それらの点検は小屋裏からの点検がまず最初です。
駆除業者に上れるかどうかは慣れ次第でしょう。登ろうと思えば３階でもハシゴで登れないことないですが、とってもこわいです！ぼくは安全面の観点からはしごは２階まで、３階は足場と決めています。