建基には記載されていませんが
柱下、継ぎ手下等にはパッキンがあるべきです。
ボルト部は必要かどうかは控えます。ムダに余ったから入れた等もありえますから。
火打とありますが根太レスですか？
土台下ですか？
床上ですか？

もう少し情報が欲しいですし、ミス指摘は補修してくれるようですが。

基礎パッキンの設置基準に関しては基準法で基礎パッキンの設置をしなさいとはなっていませんので、製品の施工容量に設置基準が書いてあります。

火打はボルト留めすることも多いですが、土台周り（１階床）ではボルトをつけないことが多いです。今は剛床工法、ネダレス工法と言って床に合板を張る使用が多いので、火打自体をつけないことも多いですし、その併用であればボルトはいらないかもしれません。工務店さんがミスを認めているなら直してほしいものですがね。

写真は小さくてどこを見ていいのかがわかりませんでした。すいません。

推測ですが、火打ち金物に穴が複数空いており
ボルト穴と釘穴と二種類空いていて、釘だけで止められているという事だと
思います。
ボルト穴だけが残っていてミスだとおっしゃっているのではと思いました。

土台火打だけは釘でも良いと思います。
土台は基礎と緊結されていますし、直交方向には根太も来ますし
その上には合板が貼られて水平荷重は変形しにくいと思います。

増して写真を見ますと平屋のようですし。

基礎パッキンのメーカーを調べ
その仕様書に準じた施工方法で改善下さいとお願いしたら
良いと思います。