>同じ場所にクラック２本見つけました。

同じ場所で貫通クラックだとしたら、0.3ｍｍでは済まないと思います
貫通クラックかどうかは、細いピアノ線等を差し込んでみてください
完全な貫通クラックであれば20ｃｍ以上、ピアノ線が潜っていきます

また、少なくとも、鉄筋が入っている場合、個人的には貫通クラックには「ほぼ」ならないと思います

今まで、1度だけ完全な貫通クラックを見ましたが、相当昔に作った「無筋」の基礎でした。先だって、熊本の益城にも行きましたが、上屋はご存知の状態でも、基礎などについて、さほどダメージ（クラック）を受けている様子は見受けられませんでした。

＞それと同時に、１年たらずで構造によるクラックは発生しない

ほとんどが、コンクリートの収縮クラックです
無い方が良いに決まっていますが、住宅レベル（施工精度、型枠の幅など）だと「0」というのは、むしろ難しいですね。
いろいろなお宅に検査に伺いましたが、未だかつて「0」はありません。

＞外から見える範囲で、家の基礎にクラックが６、７カ所ほどあります。

少ない方ではないでしょうか。。。


あまり、気に病まず、経過観察をお勧めします。

＞外からと床下からのまったく同じ場所にあるクラックは０．３ミリでも構造クラックの可能性がとても高い

まずはお調べになっては如何でしょうか？皮膚癌と思い込んでいるのが、実は単なるニキビ。。。という事もあります。


＞床下にクラックがあること自体なかなか納得できておらず…

表に出来るものは裏にもできます。当たり前だと思いますよ。

＞外から見える範囲でクラックが６、７ヶ所は決して多い訳ではないのですね

私の経験則では、「普通」です。
ちなみに、日頃行っている、インスペクションでは0.3ｍｍ以下のクラックは「補修不要」の分類となります（これが全ての判断基準ではありませんが。。）。
よほど、不同沈下などの特徴的なクラックとの所見がなければ「経過観察」の判断を私は下すと想像します。


＞現在１年と２ヶ月ほどですが、乾燥収縮によるクラックはいつまで発生していきますか？

判りません。


＞表面にかぶせてあるモルタルがとても薄く、２ミリほどしかないような感じなのですが、それもおかしくないですか？

樹脂モルタルを薄塗しているのだろうと推測します。昨今の住宅は、あなた様のように、クラックに神経質な方が多いので、あえて、厚塗りでクラックが目立たないような仕上げにします。ようは「厚化粧」ですね。
「薄化粧」だと、クラックの様子が、ダイレクトに判り易いので、経過観察には良いですね。

ネガティブな情報だけをネットから拾い集めて、悪戯に不安がっていても、せっかくの新居、、楽しくないと思います。

不安事項がいっぱいあるようですが、「無料」「匿名」「実査無し」のネット相談では、言葉だけが上滑りし、何も解決しません。不安解消したいのであれば、少々、費用を負担してでも、インスペクションの専門家に、実物を見てもらうのが早道と思いますよ。