>暫定的な金額であとで減額可能との話のもと、不動産会社のペースで建築条件付きの土地と注文住宅の建築工事請負契約を交わしました

工事契約約款がどのようになっているか判りませんが、一般的な「旧四会連合約款」であれば、暫定的であろうとなかろうと、工事途中で発生した増減工事は、必ず精算するような仕組みになっています。

しかしながら、「建築条件付き」の場合の工事契約約款は、概ね、施工者側に有利な内容になっているのが普通です。また、「増減可能との話」が「話」なのか、何らかの「書面」になっているのか？そのあたりが心配ですね。

設計内容の打ち合わせに入る前に、「念のため・・・」という言い方で、増減に関するお話を、再確認されては如何ですか？その時点で、そもそも増減に応じるつもりが無い、、、のであれば、設計の打ち合わせも意味をなさないはずです。また、当然、「増減に応じる」というお話になるはず（多分、、、）ですから、その場合は、どのような文面でも良いですから、その旨、押印書面で記録に残しましょう。

その時点で、難色を示すようなら、これはおかしなお話ですし、交渉の間の態度で先方の誠意も推し量れるかと思います。

まずは、工事約款をご確認ください。