これは、接着剤を慣らす時のヘラの後です。
特殊な接着剤との事で、硬化する時に段差が解消しない硬い素材なのでしょうか。
通常の接着剤はこんなに出ません。

若しくは使われている仕上げ材の厚みが薄いか。
メーカーによっては出やすいメーカーもあるようです。

ビス穴もパテをしない職人がいますが、クロスのパテと同じで
光があたったりして見えやすくなる場合もあります。

新築物件ですよね？
マンション等の貼替えの場合はこんな感じで模様がでます。
新しい箇所に貼ったのであれば、接着剤を塗って
職人がどこかに行っている間に固まったので
再度塗布なんて事もありえるのかもしれません。

>自分としても施工した職人がへたくそだったのではないかと技術力を疑っていたところです。
>またこの場合はクレーム、再施工を依頼してもいいものか、

「へたくそ」でなくとも、この場合は無理でしょう。
まず、出ているのは、下地の継ぎ目、糊のくし目です。
下地を継がないで、一部屋分を一枚板に？できませんよね。
糊を塗らずに？クッションフロアを貼る。置き敷きではないのなら、無理です。
通常、カーペットでもなければ置き敷きはしません。(カーペットでも、本来はしません
色も、間違いなくこれらの欠点が目立ってしまう色合いです。

したがって、クレームを付けることはできるし、やっても良いでしょう。
再施工も、やらせることはできるでしょう。
やればやるだけ、下地も荒れるし、くし目も増える。段差も増える。
泥沼にはまること、必至です。が、どうします？