お写真拝見する限り、綺麗な基礎なのですが、残念です。。

以下、少々専門的になりますが、、、
アンカーボルトの本数については、各通り毎に分配されるせん断力によって決まります。

各通りごとに分配されるせん断力＜アンカーボルトの本数×１本あたりの許容せん断力

式で書くと上記のような式となります。２階建て程度であれば、経験則上、そこそこ余裕がありますので、１本程度の埋め込み深さが幾分少なくとも、問題ないと思いますよ。

私であれば、あえて切断などせずに、そのまま使用し、「追加安心処置」として、周辺に１本なり２本なりケミカルを打つかもしれませんね。

確かにケミカルアンカーは、基準法的には表記がありません（多分、もう調べられているんでしょうね。。。）。これは、「コーン破壊」という現象が発生する可能性があり、それは、ボルトの強度より、コンクリート強度によって影響されるので、コンクリート強度が担保されないと（特に、既存改修の場合）なかなか裏付け取れないよね、、、という事で、決して接合方法として強度が無いという事ではありません。私の計算だと、あり得ない程脆弱なコンクリートでなければ、コーン破壊は発生しません。一般的なコンクリートであれば、コーン破壊が発生する前に、確実に上屋の方が先に壊れてしまうでしょう。

建物総体で考えても、仮に１本の埋め込み不足による強度不足があったとしても、万が一の時には、まず、上屋が壊れてしまうでしょうね。誤解を恐れず言えば、１本くらいのアンカーが原因で地震の時に建物が壊れる事は考えにくいです。理屈としては。

あとは、あなた様の潔癖性からくる、「理屈じゃないんだ、とにかく、設計図通りじゃないと嫌なんだ。許せないんだ」という情緒的なお話なんで、これに関しては、我々が何を申し上げても解決しないでしょう。工務店さんの対応に期待するしかありません。

ただ、老婆心ながら申し上げれば、「作り直し」は、いささか過大な要求と思いますし、それを本気で言い出した途端、工務店さんも困り果てるでしょうし、あるいは、お話が紛糾してしまうかもしれません。

「安心するために、一応、周辺をケミカルで補強してください」というあたりが、落としどころと思います。