基本的に心配はないという印象だけど。３センチのビスを打ってその先っぽが基礎の鉄筋に当たるっていうのはまずないとおもう。かぶりはそれ以上とれているはず。それに基礎のコンクリートの上にもう一度、コンクリートかモルタルを乗っけていないかな？そうしないと水勾配がとれていないと思うから、雨ざらしなところだと水たまりができちゃうと思うんだけど。鉄筋が錆びるというよりも、そんな状況でボウフラわいたりカビがはえる方が心配。

ビスが打ってあるだけで水の浸水は少ないです。
穴が開いているわけではないです。
心配であれば、ビスの周りにコーキングされると
良いかと。
あくまでメーカー標準の工事をされているので
基本的に問題ありません。

「地中梁のところ」って言う表現が位置関係とかいまいちイメージができないんだけど、外周部ってことかな？
基礎作ってから何度も雨に当たっていたと思うが、水溜りになるようなことはなかったのだろうか。水が心配なら上で言われているようにコーキングか、束柱だけ立ててある状態で止まってるなら、ビスを隠すようにモルタル等で水勾配を取ってから上を作るのはどうか？

土間を下げている部分がかぶりが少なくなっているのか、そこは鉄筋も下げているのかわからない。当たっていなければ問題ないかと問われれば、そこにクラックが入っているかとか、水の当たり方とか不明なのでなんとも言えないが、ビスくらい心配ないんじゃない。施主にそう問われたら何もやらずに大丈夫！とは「状況によっては」言えないかもしれないけど。

ウッドデッキメーカーが基礎の責任を取るわけではないからね。