レックスさん

これだけであれば、なにの錆か不明です。

写真では、基礎に３?５ミリ程度の薄塗（モルタル？？）に見えます。

施工店に再度錆を見てもらい、原因がなにか確認してみてください。

（たぶん斫り現状を見ると思います）

基礎の鉄筋であれば、竪か横かの線状になりますが・・・・・

何か違うように見えます。

築年数も教えてください。

基礎の型枠を留めるセパレーターだと思います。
通常打ち込み部分を残してパチンと折ってしまいます。外側はフタをしたり止水キャップをしますが、内側は何もしないことが多いです。念のため内側(床下から)を点検してもらっては？漏水などで水たまりができているかもしれません。
錆びているのがセパなら構造的な問題はないと思いますが。