カーペットを剥がして、出てきた合板(or板材)にフローリング貼り、もしくはそこに合板を捨て貼りしてフローリング貼りというリフォームですよね。よくあります。歩いてみて違和感を感じるとか、つまづくとかでない限りそのままフローリング貼りが一般的だと思います。新たなフローリングも元々の床も人が作るものですし、木でできているものなのでどこもかしこも完全な水平を保ってはいません。何か物を置いてカタカタするのはある程度はあり得ます。カーペットですとふかふかしている分でその不陸は吸収できますが、フローリングですと出やすくなりますね。もしかするとそこに置いたタンスなどの足元が変形している可能性も高いと思います。
おおよそ極端ではない限り工事に不備はなさそうだと思います。

>どの程度なら不備とみなされるのでしょう？

数字として、いくつ。とは言えません。キット誰も。
単純に数字で言っていいのならば、「ガイドライン」になる数字はあります。
ただ、この場合に限らず、床だけ見て、OKもNGも出せないのです。
築37年ということですので、
　○真ん中を残して外周が下がった？あるいはその逆。
　○床だけでなく柱も倒れてきている。あるいは、柱は正常
　○その他

　お近くの「建築士」、「ホームインスペクター」などに総合的に見ていただくことをお勧めします。
　たとえば、業者さんなどでも良いのですが、第三者的な観点で、責任のある、意見をもらってくださいね。

どの程度が不備と言われれば、お施主様が不備といえば不備だと思います。傷がついていれば不備だという方もいます。気にしない方もいます。タンスを置いたらガタガタしているのが不備だと思う人もいれば、気にせず新聞紙を挟んでタンスを置く人もいます。タンスを置かなくても、見た目的に盛り上がっていれば不備だという方もいれば、気にしない方もいます。不備だと思ったら不備なのです。それが工事中の不注意で起こったものなのか、もともと仕方ないものなのか、その中間でどうにかしようとすればできたけどそれには費用が余計にかかるのでしなかったのか。話はそこだと思います。が、それは今更わかりませんよね。はがしてみるわけにもいかないですし。

置いたものは変形しておりませんと言いますが、ものにもよりますが、大抵のものは水平の床に置くとガタガタします。ガタガタしないのは3本足のいすなどだけです。床との接点が4か所以上あればかなりの精度で作られていない限りガタガタしますし、床もそんな精度です。ぴったり合うことのほうが少ないです。

「下地からではないような感じがする」理由がわかりにくいのですが、工事の不備かどうかっていう話をすると話がややこしくなってしまうので、「もの置くとガタガタしてしまうんですが見てもらえますか？」という形でご相談されては。昔の大工さんが真ん中をむくらせて作っていたんだと思うんですが。