数センチ位と思ってしまいますが、
どのような弊害があるのでしょうか？

多分 外壁の内法を合わせた美観もあると思います。

※アドバイスお願いします。
↑
ここはボランティアですよ。
なんか始終引っ掛かるニュアンスですよね。
他の方がコメントされたら、すぐ返答していますか？

これで5箇所もと言うけども、今回の4箇所はたぶん同じ理由じゃないかな。「窓の高さを2000にしましょう」と言っても、どこからどこまでが2000なのか？床から窓枠の上なのか、窓枠の下なのか、施工時も床下時からなのか、根太からなのか、とかたくさんの寸法があって、納まりをわかっていない設計者では単純な足し算なんだけどわかっていない人もいる。監督もあまりよくわかってない場合もある。そこでの間違いなんじゃないかな。

修正は割と簡単だけど、足らずになってしまった方のパネルは継ぎ足しではなくて、できれば一枚張り替えた方が気持ちいいし見た目もいいね。デメリットは特にないと思うけど、パネルを留める縦横の桟釘を抜いたり打ち直したりするのであまり気持ちの良いものではない。構造的な問題はなさそうだけど。その高さの違いが使用上やデザイン上で特に気にならないのであれば、そのままの方が良いと思うけど、ここはきちんと直してもらっておいた方が、「この施主は多少間違えても済んじゃう」って思われないためにもいいんじゃないかな。現場の職人さんたちには労いつつ、設計や監督には真剣に確認をするように一括しておいた方が良いかもしれないね。


「補足」
回答者がボランティアっていうのは、嫌ならやる義務はないんだよね。何か勘違いをされているのは同じなんじゃないかなって思うが、相談者の方もこのようなケンカ腰なボランティア回答者や相談とは無関係な話を長々と書かれたものに対して、全てにまたお礼やお返事を書く義務はないと思います。要は「失礼のないように」コミュニケーションをとりましょう。ってことじゃないかな。

　私も経験がありますが、
　窓の高さ　そのものは、たとえば、一軒すべて同じ・・・というのならば、意外に簡単・・かもしれません。
しかし、和室は長押の高さに合わせる。
居間は、フロア。でも、窓の下に設置する器具（たとえば暖房器）の高さの関係で、少し窓はあげたい。
　洋間はフロア。隣の部屋はカーペット。
かといって、外面をちぐはぐにしたくない。
　この条件を、設計時にわかっていればともかく、設計後に変更、打ち合わせで、決定。・・・・なんてなると、現場は「苦労モード」ですね。

　窓だけ、断熱材や内装が無い状態の今だから、後腐れを少なくやれる問題でしょう。今、わかり、今、直せて幸い。とも言えます。

　回答者、ボランティア・・・・などの件ですが、
お互い、良くも悪くも、「ことばだけ」「限られた写真だけ」での話ですし、素性も何もわからない。ということは、避けられない。
それが、ここの場所の最大の特徴・・・ですよね？
　であれば、
　回答者はできるだけ、詳しく教えてあげたい。相談に乗りたい。
その善意にのっかっているのが「ボランティア」ですよね。
そこにはお互いに、人間としての最低限の「礼儀」「心遣い」が、必要と思います。
私のことばらしくない。と、考えているのは、自分自身も、ですので、ご勘弁を。