「地盤調査」は建築基準法上の義務ではありません。お手元に確認申請の副本がある通り、地盤調査を行わなくても確認申請は通ります。

工務店が任意で加入する「地盤保証（瑕疵保険とは異なります）」には地盤調査等が必須になります。その辺り、勘違いされないよう。。

確認申請（建築基準法）≒瑕疵保険（住宅瑕疵担保履行法）≒地盤保証（民間の保険制度で加入任意）

それぞれ、根拠法令も制度も異なりますので、ゴッチャにすると、話が混乱します。

瑕疵保険など未加入について、いきなり国交省が動くことは考えにくいですが、同様のケースは多々発生していると推測します。まずは「住まいるダイアル」に相談してみてください。
https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/jutaku-kentiku.files/kashitanpocorner/03-consumer-files/08-newhouse-about-low-items/01-checkpoint.html

但し、良くも悪くも、「役所」ですので、過大な期待はされない方が宜しいかと思いますよ。