日本語と図の読解がかなり難解だが、黄色も赤も緑も青もすべて私道で全てあなた様の名義なんだろうか？赤の斜めの線は？隅切り？

もう少し詳しくわかりやすく聞きたい、公図などの方がわかりやすいかも。

私道上にRC擁壁があるのはまずいと思うので撤去してしまう必要があるかもしれないが、道路にコンクリートが敷いてあるのは、その境界（隣地との境界、敷地と私道の境界等）公図どおりどこが筆と筆の境界かという標があれば仕上がりはどうでも良いのでは。氏などの但し書き道路となっていれば市で舗装などしてくれるかもしれないが。

もう少し状況をわかりやすく知りたい。

登記簿上の土地の形と、現況の道や車庫スペースの形状や位置が一致していないようだね。なんでこのようなことになるのか？
A邸の建築会社が何か間違いをしたのだろうか。そこに聞いて見ないとわからないね。あなた様の建築計画がどうなのかはわからないが、既存のコンクリート構造物のある部分を購入しないで計画は成り立たないのかな？-11,-12の一部と-13は購入しない。分筆が必要となるがA邸に買ってもらうか。使用しているのだから。あなた様は二棟建てるようだからその接道が取れるのか確認が必要だが。それがダメなら越境している部分は、特に擁壁は撤去してもらいたいよね。公図の筆の通りに境界標は確認できるんだろうか？最低でもそれはないと買い物できないよね。

擁壁のある-13が計画に必要であれば、撤去してもらうしかないだろうね。

１つ目として、あなたが購入をした不動産業者には販売をした土地の瑕疵について対応する義務があると思う。建物を建てるための接道をとる上で必要な部分に人の工作物がある以上、建物を建てるために購入した土地を本来の目的で使用できない。不動産業者には直接の責任はないが、交渉ごとの手伝いなどさせても良いと思う。
２つ目としてA邸の建築業者だがいくら必要だったとはいえ、勝手に他人の敷地に工作物を作っちゃダメだよね。普通は解体撤去する必要が出てくるよね。なぜそれが必要なのかわからないが。

この２業者で解決が出来なければ、A邸の持ち主本人に直接交渉をする必要が出てくるかもしれない。「私の購入した土地にあなたの擁壁が勝手に建っており建物を建てることができない」という形だと思う。
協定道路の所有権はAさんで届けられているというが、真の所有権は法務局に届けられている。土地謄本を取れば明白だ。そこが変わってなければあなたは購入したことになっていないということだ。協定道路の所有権は本来土地謄本に基づき確認されるべきだが、県がそこまで確認をしないで届出を受理してしまっただけかもしれない。謄本を持っていけば簡単に訂正してもらえると思う。

最悪、-13がAさんにとっても必要だった場合、四者での話し合いが必要になってくるかもね。