直すことはできません。
問題ないかは貴方ではなく、お施主様です。
お施主様が問題ないのあれば問題ありません。

床板も1.8m程でつないでいます。
これが 端から端まで一枚であるべきか。
梁も強度の無い場合は問題ありですが、あくまで化粧。

契約又は打ち合わせで 一本もんで 主張の梁と
決まっているのであれば別問題かと

　それって　もしかして「集成材」のことですか？
最近は太くて長い良い材料があまりありませんので、梁などは特に集成材が主流です。最近の集成材は、研究が進み、性能も従来からの「一本物」を凌駕するモノもあるとか・・・・

　どう考えても、「梁」を途中でつなぐ施工はあり得ません。ましてやワンスパンで３本は、さらにあり得ません。間違いなく集成材と思われます。

　可能性として、通常に梁をかけて、「見せる梁」と言うことで、表面に化粧板を貼っている？かもしれない。のですが、それとても、一本モノに見える様には見せても、わざわざ　つなぎには見せないでしょう。

　集成材であるとすれば、
取り替える必要性もありませんし、それも無理ですね。(建て替えをする？わけでもなければ）それによる問題も無いと思われます。
　どうしても、気になる・・・・ことを、むげにはできませんが、
それであれば、(もちろん自己負担の範疇でしょうが）表面に塗装する。
あるいは「木目のシート」などを貼って見てくれを整える。ということだと思います。

>よく見ると３本くらいの短い木をくっつけて１本の梁にしていました。

3本と具体的に書いているので下端に体裁よく木材を貼り付けてあるのという
感じに受け取りましたが、
集成材かもしれませんね。
天井を少し下げているので、見える範囲が小さくなり3段に重ねていると
思われているのかもしれません。実際は天井裏には大きな梁が埋まっているはずです。

大丈夫か？と言う話ですが、以前建築知識で集成材の梁で
エアコンで亀裂？が起きたみたいな記事を読んだ記憶があるので
基本集成材は、永久的かどうかはまだ不明ですね。
無垢が一番。ただ　集成材の良いところがたくさんありますし、
一流ビルダーも当たり前のように使っているので問題ないのかもしれません。

　写真で見る限りですが、集成材の可能性が高いように見えます。

>ホントに妹夫婦が問題にしなければそれで良しなのですが。
>新居の建築を義兄にお願いして・・・・

　大変きれいないいおさめに見えましたが？
　確かに打ち合わせが足りなかった。かもしれませんが、
お兄様とすれば、善意で「梁をあらわし」で納めて、クレームが付いてしまい、
割り切れない思いをされている。かもしれません。
(推測ですが・・・・）

それくらい、施工側の当たり前と、施主側の常識に隔たりがあるんですね。キット