見たところですが、アンカーボルトそのものにはパッキンを通した感じではありませんが、すぐ横に見えます。
その意味では、何ら問題は無いと思います。
　パッキンをアンカーボルトで締め付けるという解釈ですが、
　そもそもが、木材をねじ締めするわけです。金物をボルト固定する感覚では、通常は、考えません。

この基礎パッキンも含めて、おそらくほとんどがJOTOというメーカーの基礎パッキンが使用されていることと思います。基礎パッキンの使用方法(ルール)はそのメーカーの方で施工要領を設けております。それから行くと、本来ホールダウンのボルト部分では、基礎パッキンの穴にボルトを通すことで設置をするように書かれています。基礎パッキンの間隔は１メートル以内です。柱は上から荷重が来ます。ボルト部分は締め付けると隙間が閉まります。そういう部分にはすべて基礎パッキンを入れます。ですから本来角などは基礎パッキンを３枚使って一か所の角を納めることが多いです。(１枚目の写真など)

ただし、基礎パッキンを入れ忘れてしまった場合、「ホールダウンに添わせるように横から加えてください」とメーカーの案内には書いてあります。ですから、必ずしも基礎パッキンの穴にボルトが通ってなくても、問題はさほどないことがわかります。写真の場合、「添う」というには少し離れている気がするのでグレーですが、そんなに問題はないのかと思います。