>左：細い配管ですが、土台を通しています。問題はないでしょうか？

　「ゼロ」では無いでしょうがね??。
　たとえば、はじめの頃の写真に有りました、「人通口のところの土台」仮にそこの周辺に有った。というのならば、問題視する可能性は有ります。
この写真の場合は、問題視することも無い気がします。あえて言えば、ここの下に基礎パッキンを入れておけば、安心感があるでしょう。くらいでしょうか。

>中央：この隙間があっても問題は無いでしょうか？土台が見えています。

　目くじらは立てる必要が無い程度の問題かと。

>右：基礎コンクリートに後から埋めたような跡があります。（補修跡？）
> 　　　ジャンカがあったのでしょうか？周辺も他と色と違うので気になります。

　何でしょう？何かがコンクリートの表面と型枠に挟まっていたのでしょうか？それとも、型枠表面にテープでも貼ってあったのでしょうか？
いずれにしても、後から何か・・・ではない気がしますが。