色々考えましたが思いつかず、他の方の回答を楽しみにしていましたがなかなかないようですね。簡単にできる確実な補修というのは困難だと思います。普通に考えると穴周辺の石膏ボードを部分的に剥がして穴を補修する方法ですが、石膏ボードを部分的に剥がす段階でシートを傷めてしまう可能性が高いです。気密性を重視するならば、今の壁の上からもう一度、シートを一面に貼り、もう一枚石膏ボードを張る。ただしこうまでして穴を補修する必要があるかどうかです。コンセントまわりやシートの重ねしろなど、今回と穴のような短絡部は他にもあるかと思います。どうしても気になるようであれば、穴部分を念入りにパテ補修をし、ビニルクロスを張り替える、などでしょうか。

　私も、いろいろ考えたのですが、現場監督Aさまとほぼ同意です。

　「釘なりビスなりで、気密層つまり内部のポリフィルムに穴を開けた。」
ということですよね。
　たとえば、あなたの指に釘を刺した。これを指の皮膚を剥ぐだの、皮膚移植だのと考えるでしょうか？絆創膏を貼っておく、あるいは「なめときゃ　直る」ですよね？

　神経質になる必要は無いのかな？と思います。