契約の順序や方法が違法かどうかはここではなく、弁護士に相談すると良いと思う。

解約の仕方だけど、そもそも建築地が間違っている契約書自体が無効なのでは。約款以前の問題だと思う。それに対して違約金を払えというのなら、じゃあその間違った番地に家建てて打ってくれと言えば良い。全て無効なところから、新たにどうするかという話が始まると思う。最悪は手付金を諦めてフィードアウトか。

ネット銀行を使う旨をお相手に言ってあっても、銀行との話は基本的に施主側の仕事だからわからないじゃ済まされない。ネット銀行じゃなくても普通は上棟時に９０％なんて出ないから、つなぎ融資を組んだりとか、その銀行で無理なら別の銀行でつなぎを組んだりすることもある。そのくらい、業者側もわかってるだろうけど。あなたのミスとしては、その辺の勉強不足。双方のミスとしては、ローンが通らなかった時やつなぎが組めなかった時に契約自体をどうするのかの条項がなかったということか。
そもそも逆に完成時に一括支払いを了承する会社は少ないよ。工事中の職人への支払いや材料購入のお金は会社が建て替えなくちゃいけないとなると、それは会社の損失になるからね。

>>先に土地の契約ではなく、工事請負契約をした不動産屋さんは何かメリット

建築条件付きで販売かけなかったけど、どうしても建築工事の請負契約を確約するお客さんに売りたかったんだろうね。