写真を見て、と限定しての話ということで・・・・

>屋根に関しては、初期の層間剥離と屋根材の多数の浮きがある為に　金属屋根のカバー工法を考えております。
>ただ、このまま金属屋根を被せてしまうと、余計に結露が出るのでは?との心配もあります。
>はたして、本当に結露なのか?という疑問もあります。

　結露が原因という見解で、ほぼ問題は無いのか？と思いますが、
これに金属をかぶせても、「結露」そのものに、変化は無いと思われます。
写真で見ると、天井の断熱材がビニールフィルムでくるまれている？モノのようです。断熱材のスキ間などは確認できませんが、
結露の件では、原則的な話をすれば、天井、壁の気密がしっかりしていれば、野地板の裏側に結露はあり得ないと思います。
　要は、断熱材の下(室内側）にスキ間無くポリフィルムを敷き詰めてください。
ということになります。
　業者が結露と判断したのならば、リフォームのついでに、その辺の修繕をするように、提案させることでいかがでしょうか？
　その時に、断熱材の厚さ(少ない場合）や、断熱材相互のスキ間も(有るならば）修繕すると良いでしょうね。

Ｙａｍａさん

写真ではよくわからないですが、３枚目では古い木材のみたいに褐色状にみえ、一部割れ部分に木材がけた様にみえますが・・・・
一般的に、小屋裏は自然換気のため換気口を設けますが、（法的な規制はありません。シックハウス対策で、建材によらない場合を除く)
懸念されているように、冬場、室内で温められた湿気を含んだ空気が天井裏で冷やされると飽和状態となって、水摘になり、結露を生じます。

木はもともと森で育った植物ですので、結露には強いですが、風さえ通れば、濡れてもすぐに乾けば、腐朽菌が繁殖する時間がなく、簡単に腐るものではありません。

腐朽菌等が見られたら、対策が必要と思われます。
主に広葉材←白色腐食菌？？
針葉材（写真より）←褐色腐朽菌かも？？施工店で判断を！

腐朽菌の繁殖条件は、水分（湿度）、空気、栄養分（木材）が必要です。
水分は、室内の生活での湿気（人（発汗）、料理、風呂、洗濯物、加湿器、ストーブなど）の水分発生が、天井を通り、外気で冷され屋根材裏に結露します。
湿度、温度を少なくする天井裏換気や防腐剤による防腐処理が有効です。又、天井裏の換気量の算定確認をし、不足であれば、換気口、天井裏換気扇等の検討が必要かもしれません。

最近では、断熱材は湿気を防げず、天井断熱材下に防湿シートを敷き室内の湿気が天井裏に行くのを防ぐケースがあります。
施工店と相談して、対策を検討する必要があるかもしれません。